針對外界關心將軍區青鯤鯓海水淡化廠計畫產水用途議題，南市府表示依照中央核定通過之「臺南海水淡化廠興建計畫環境影響說明書」內容所述，因應大臺南地區整體產業經濟發展之用水需求，本計畫產出海淡水將優先納入既有自來水系統，與既有自來水系統水量共同調配供給臺南地區民生及產業用水使用，並讓水庫水源減少出水量，俾利調蓄貯存於水庫內，以供枯水期間運用，達到供水穩定的目標，因海水淡化具有供水穩定之優勢，將可更有效調度水資源，使大臺南區域社經發展無後顧之憂。
水利局表示，依水利署評估，傳統水源供應系統面對氣候變遷與極端水文之衝擊極大，而海淡產水方式因取自於「源源不絕的海水」不受天候、降雨分布不均等水文條件影響，加上現行淡化技術、產水效率及能源回收效能日益精進，可大幅降低供水不確定風險，中央自民國 100 年即開始規劃海水淡化廠興建，規劃位置於將軍區青鯤鯓，全期每日產水規模為 20 萬噸，第一期工程產量每日 10 萬噸，目前辦理設計作業，預計 117 年完成第一期產水，未來海淡廠產水將透過輸水管線併入公共供水系統，由自來水公司統一調度供應做民生及產業用水使用，透過多元水源供給，優化臺南水源調度的彈性及供水韌性。
水利局說明，為了讓地方民眾充分了解開發計畫內容，水利署與市府於今年5月已依照「環境影響評估法」及「海岸管理法」召開說明會，讓在地民眾充分了解計畫內容，地方民眾踴躍發言提出鹵水排放對漁業的影響、海淡水水質是否符合規定、應再加強與地方溝通、希望海淡廠帶動地方觀光及促進就業…等意見。水利署回應表示，計畫經長期詳細評估規劃，海淡水經過嚴密生產流程水質符合標準，比自來水水質更好，鹵水經模擬排放與海水稀釋後鹽度無顯著增加影響輕微，於施工及運轉階段將加強環境監測不會影響漁民及漁業，並將持續加強與地方溝通說明。
中央評估在極端氣候下，旱象恐將頻繁發生，傳統水資源設施如遭遇嚴重乾旱時將對地區供水造成極大壓力，而臺灣四周環海，海水為穩定之水源，推動海水淡化開發新興水源有其利基，黃偉哲市長支持中央能透過多元供水，增加水資源開闢，穩定本市民生，農業及產業用水，但也籲請中央應充分考量地方民眾、漁民、相關團體意見，務必確保海淡產水水質符合標準、兼顧環境生態及保障漁民權益，市府已爭取7億元中央經費，用於提升淡化廠周邊公共設備，包括道路、綠地、觀光設施等，以配合地方發展。
