因應武漢肺炎疫情，台南市政府召開一級指揮中心應變會議，黃偉哲市長表示，各單位務必要做好疫情防範工作，該圍堵就圍堵，該減災就減災，對防疫人員辛勞表達最高敬意跟謝意，呼籲全體民眾共同防疫，期疫情早日遠離。

因應疫情延燒，台南市政府防疫指揮中心於2月27日提升為一級開設。3日，市府召開應變會議，會中，市府衛生局、經發局、觀旅局等單位，報告目前因應措施。傳染病防治醫療網南區指揮中心、衛福部疾病管制署南區管制中心及海巡署南部分署等，分別提出寶貴意見供參考。

黃偉哲市長表示，全民做好自身衛生清潔，勤洗手外，室內外的清理打掃也要做好，進出室內密閉空間需配戴口罩，讓感染的機會大幅降低，也能大幅減輕防疫人員工作壓力，讓南市疫情衝擊降到最低。

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