針對台南市議會程委會退回總預算案，市府表示，程序委員會依法沒有權限退回總預算案，如有不滿內容，只能進行初審並建議，最後仍應交由大會審議。
市府表示，程序委員會依法沒有權限退回總預算案。且依據地方制度法第35條及第40條第一項，直轄市議會對預算案有議決權，並沒有退回重編的權利。內政部與行政院主計處的見解亦相同，經程序委員會提報大會不予審議的議案，經過議員的提議仍可提報大會審議，且沒有退回重編的權限。
市府指出，中央補助重大建設，使歲出總預算來到1,005億8,043萬5千元，但台南市因為黃偉哲尊重民意，推動房屋稅輕稅方案，導致自籌財源下降，歲入預算僅編列946億8,043萬5千元。由於109年度歲入與歲出差短59億元，僅能以舉債方式挹注。
市府強調，總預算的資本門高達237億元，為歷年最高，顯見這些預算多數用於實質建設，而非濫發補助。此外，歲出增加還包含警消人事費、危險加成及勤務繁重加給等經費增加8億2,038萬7千元、農路改善經費增加1億2,000萬元。許多民眾關心治安能夠提升，許多議員時常建議農路要改善，如果擋下總預算案，那市民的權益將間接受損。因此，不論就舉債的合理性，以及總預算案審查的適法性，台南市議會於法於理均應該將總預算提報到大會審議，主張退回不但不符市民利益，也於法無據。
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