為協助大學追求國際一流地位並強化國家競爭力，教育部第二期（112年至116年）高教深耕計畫將賡續第一期補助重點，5年投入總經費970億元，提供各大學推動國際招生、交流、攬才，發展優勢特色領域。 

教育部近日公布第二期高教深耕計畫112年各大學核定經費，繼臺大、成大、陽交、清華四強，興大獲得4億5019萬7237元，持續穩居全國第五，整體經費並較111年增加逾1千2百萬元。 

興大執行第一期高教深耕計畫發展國際重點領域，與國際頂尖農業標竿學校「加州大學戴維斯分校（UCD）」及「德州農工大學（TAMU）」進行全面雙邊學術合作、國際人才培育、教學創新及新南向農業推廣。包括與UCD合辦3+X學位學程，首創兩校紀念學術講座，赴美進行獸醫防疫及臨床人才訓練等。此外，興大每年與近40所世界一流教研機構建立雙邊特色研究領域合作，致力提升國際學術聲望。 

根據5月11日最新公布的ESI（Essential Science Indicators）排名顯示，興大共有10個學科（農業科學、植物學與動物學、化學、藥理學與毒理學、材料科學、工程學、生物學與生物化學、環境與生態學、社會科學、臨床醫學）進入全球前1%，與清大、中山並列。其中植物學與動物學學科排名全國大學第二、農業科學學科全國大學第三、環境與生態學學科排名全國大學第四，突顯興大在教育部經費挹注下，發展優勢農生與環境生態特色之亮眼成果。 

興大在第二期高教深耕計畫，獲得4個特色領域研究中心計畫補助，分別為「永續農業創新發展中心」、「前瞻植物與食糧尖端生技研究中心」、「鳥禽遺傳資源暨動物生技研究中心」，居農學全國第一，在理學領域新獲「前瞻永續負碳資源創意研究中心」。 

興大將持續配合國家六大核心戰略產業及2050淨零排放路徑等重要政策，聚焦學校「農食生技」、「智慧製造」、「醫療照護」、「綠能減碳」等四大優勢主軸，著重高階人才培育，擴大國際合作鏈結，跨域整合學術量能。在第三期大學社會責任實踐計畫方面，興大獲「永續發展類計畫國際合作型」「浪愛無國界：流浪動物減量與福祉實踐」計畫，將臺灣經驗推展至國際，具體展現大學社會責任影響力，進一步提升整體國際能見度。