臺南市政府為加速都市均衡發展、縮短城鄉差距，於縣市合併升格後通盤檢討全市污水下水道系統，就行政區之獨立小規模或適當之區域性污水下水道系統，整合全市污水處理資源，辦理系統整併作業，以樽節建設及營運成本。水利局提送仁德區污水下水道整併計畫及修正實施計畫後，內政部核定將歸仁區污水下水道整併於仁德污水下水道系統辦理，預計將歸仁區污水接入仁德水資源回收中心處理。
仁德污水下水道系統分五期建設，除仁德區外、涵蓋部份東區、歸仁及關廟地區，總接管戶數91,188戶，總經費約175億元，目前正辦理第二期工程預計接管28,400戶；歸仁區都市計畫區域經推估人口成長數，接管戶數約15,000戶，因位於仁德區污水下水道系統上游，主幹管較長，所需工程經費龐大，在中央預算有限及接管效益考量下，計畫於仁德區污水下水道系統實施計畫第三、四期範圍實施，預計於118年至129年辦理，因污水屬重力流，須依序由下游往上游佈設主幹管、分支管再到用戶接管，故工程所需時程較長。
水利局說明，為因應歸仁區高鐵附近區域產業建設及人口急速發展，水利局於107年起辦理高鐵台南車站特定區既有污水管線檢視及整建工程，整修既有特定區內污水管線以利生活污水排放，搭配109年9月完成的綠能科學城污水專管工程，將該區域污水匯集至仁德水資源回收中心處理，已踏出歸仁區污水系統接管第一步。
水利局指出，河川水體之污染來源複雜，除民生廢水外，亦有工業、農業及商業等事業廢水管理問題，尤其與民生息息相關的餐飲業，業者為方便起見，常有將廚餘直接排入水溝造成堵塞惡臭之情形發生，水利局呼籲，餐飲業者應依規定加裝油脂截留器後再排放廢水，並定期維護清潔，另民眾家中的化糞池亦應定期維護抽肥，以確保其功能，避免未經處理之污水排入水溝造成河川水體污染。
水利局表示，仁德再生水廠已於今(114)年4月23日通水，為配合南科管理局推動沙崙地區大南方矽谷計畫，評估擴建仁德再生水廠，以增加高科技廠房高階製程使用再生水量，除穩定高科技廠產業用水、滿足企業ESG淨零碳排需求外，再生水收入更可充實市庫財源，做為辦理重要市政建設使用，以建設大臺南成為台灣矽谷為目標，吸引更多高科技產業進駐投資，讓臺南市成為高科技產業的後盾，以提升台灣國際競爭力。
