因應中央流行疫情指揮中心5/11下午2點發布，即日起到6月8日，全台灣提升疫情警戒標準至第二級，110全大運為確保賽事順利進行，發言人李俊璋表示，依照「110年全國大專校院運動會因應新冠肺炎防疫計畫」，本屆賽事相應的防疫作為有：1.停止觀眾入場觀賽與參加相關活動，2.啟動所有比賽場館室內100人以下，室外500人以下的人流管制。
所有裁判、選手、教練入場皆需先量測體溫，配戴口罩、酒精消毒，並採單一出入口，進場、離場都刷識別證。同時也會在領隊裁判會議時說明，所有選手比賽完後，立刻出場。選手休息區部分，室外選手休息區拉大分區空間，室內場館則會移到戶外。
5/14(五)下午6點10分在國立成功大學光復校區田徑場將舉辦110全大運開幕典禮、選手之夜以及5/18(二)下午3點半在成大光復校區成功廳的閉幕典禮，照常舉行，3場活動都會同步在110全大運臉書、110全大運官網、國立成功大學臉書進行直播，提供觀眾線上觀賞。
根據指揮中心室外集會活動500人以下防疫措施，李俊璋表示，開幕典禮貴賓席採固定梅花座，並採實聯制，入場前體溫量測與酒精消毒，進場全程戴口罩，會有各校舉牌手、裁判進場，觀眾、選手、教練、領隊不進場，閉幕典禮部分，觀眾、選手、領隊、教練皆不參加。
因應新冠病毒防疫措施，本屆全大運依照TOCC（旅遊史、職業別、接觸史、群聚）防疫評估表填寫結果評估選手、隊職員、裁判、工作人員、志工、貴賓是否可進場。
李俊璋表示，因應今日公布的防疫升級，也會加強追蹤TOCC，把這次事件足跡資料納入原有TOCC問卷，讓全校教職員工生跟選手等都再填一遍，並篩選可能的接觸史。
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