受到新冠肺炎疫情實施邊境管制影響，機場捷運109年平均日運量減少26,019人次/日，下降約33.96%。
國內新冠肺炎疫情趨緩，桃捷公司配合中央流行疫情指揮中心及交通部鬆綁管制措施，從6月7日起，調整旅客搭乘機場捷運防疫作為。離峰時間搭乘機場捷運，若可維持社交安全距離，旅客可以不佩戴口罩；但上下班尖峰時間考量人潮眾多，社交距離維持不易，旅客仍應全程佩戴口罩。
因應國內新冠肺炎疫情已趨於穩定，交通部宣布6月7日起鬆綁疫情管制措施：「大眾運具或運輸場站入口處仍維持現行量體溫、戴口罩措施；進入後，若可維持社交距離或適當阻隔設施，得不配戴口罩」。另中央疫情指揮中心於6月4日亦提醒旅客於上下班尖峰時段搭乘捷運，考量人潮眾多，社交距離不易維持，旅客仍應全程佩戴口罩。
機場捷運配合中央防疫政策，6/7起調整旅客搭乘規定。
桃捷公司配合中央防疫政策，維持全線21個車站設置紅外線熱像測溫儀，篩測進站旅客體溫機制，若測得體溫超過37.5度之旅客，經耳溫複測超過38度不得搭乘捷運。也提醒旅客務必遵守進站戴口罩、進站後維持社交安全距離、上下班尖峰時間搭乘捷運全程佩戴口罩之規定，共同展開防疫新生活。
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