造價1.1億的台南市城西焚化底渣再利用處理廠，宣稱採德國設備技術建置的國內首座具空氣刀分選等系統，可回收再生粒料。工程報驗時，空氣刀分選系統卻臨時改為台製系統，功能相差數倍，總體價格卻沒有跟著調降，導致部分環保業務人員被約談。市議員林燕祝3日就此案提出質詢，並要求將全案送檢調調查。
另外，林燕祝也質疑底渣委外處理疑雲重重。她說，底渣自行處理每公噸才385元，委外竟要1545元，相差5倍之多，而且去化方面，還要環保局自已設法解決，明顯不合理。她揪出市府編列預算多處支出項目有疑議，如焚化底渣再利用委外經費科不符情形，甚至處理廠建廠期間，環保局還每年編列8400 萬元的委外操作計畫經費，今年另以焚化再利用編列2000萬元，期間並傳出「有力人士」介入關心， 標案也一拆成2標，表面上分別由不同公司廠商得標，實際上二者登記地址卻相同，內藏蹊蹺不可言喻。
林燕祝強調，城西焚化底渣再利用處理廠前年7/2日竣工，驗收過程冗長，直到前局長林淵淙改變委員再勾選才放行。自建廠目的在節省市庫負擔，成本未隨著減少，招標作業漏洞百出，尤其牽涉經費龐大、科目不符等關鍵點能夠突破，可能會有更高層的政商人物涉入。
市長黃偉哲對此表示，雖非任內發生，卻也有多處環節讓他納悶，事涉重大工程，檢調單位大可主動調查全案。
臺南市環保局則回應，該局辦理各項工程及勞務採購案皆依法令及相關規定執行，如有議員指正需改善精進之處，該局一定會審慎參採評估辦理。
環保局表示， 107年至108年上半年期間因興建底渣處理廠暫停處理底渣，於108年7月時城西灰渣場已暫置9.6萬噸底渣，每年仍持續產出本市底渣約6.3萬噸及回運外縣市代燒垃圾產出底渣5萬噸，而環保局底渣處理廠設計處理量每年8.8萬噸，故同步規劃底渣委外處理，減輕城西灰渣場貯存壓力，故續編列委外處理預算經費。
環保局指出，代操作及委外處理兩案皆採公開招標與最低標決標，並非採評選委員評選方式辦理。其中代操作處理費僅有底渣處理費用，並不包含底渣進廠及粒料去化載運費用，而委外處理費用包含自機關指定焚化廠載運底渣至處理廠、底渣再利用處理理費及粒料去化載運費。另外經比較其他縣市委外處理費用(不含去化)每噸在1190元至1800元間，與該局委外處理費用差異不大。
