台南鐵路地下化的都市計畫變更核定案，由部分受拆戶及其家屬於106年向高雄高等行政法院提出行政訴訟。全案經過13次程序準備庭、1次現場勘測及1次言詞辯論，法院4月8日宣判原告之訴駁回。南市府欣然接受判決結果，表示該判決顯示鐵路地下化建設確實符合「公共利益」所必要，內政部核定都市計畫之行政處分並無不法及利益衡量之瑕疵。
市長黃偉哲表示，鐵路地下化是市民長久的殷切期盼，攸關臺南城市縫合、區域發展的百年大計，市府會盡力輔助交通部持續推動建設，為市民的長遠福祉而努力，讓鐵路地下化的工程圓滿落實。
針對法院判決結果，市府提出3點回應：
1. 依內政部表示，都市計畫委員會審查標準回歸都市計畫法第27條第1項第4款，應著重於土地使用之合理規劃。本案都市計畫變更是配合行政院核定之「台南市區鐵路地下化計畫」所辦理，符合前述法律條款規定事由。未來改建後之道路寬度為25～40公尺公園道，對紓解鄰近地區交通與塑造市中心區意象有具體效益，確實為促進整體都市發展所必要。
2.南市府表示，本案都市計畫目的在配合鐵路地下化工程所需，將無法載重開發、建築之地面騰空廊帶，結合現行鐵路用地，規劃成為連通台南市區之主要公園道，對於紓解台南市區交通擁擠問題有極大幫助，且能兼顧提升居住環境品質、防災防汛等功能，確實為增進「公共利益」所必要。
3.至於原告指控本案係「因站區開發利益而東移路線」，交通部鐵道局等政府代表一再駁斥，且本案293.6億元經費來源已明確編列在交通部與台南市政府各年度預算，充分證明本案全數由政府出資興建，並無原告指稱任意將路線東移、擴大用地範圍以增加開發利益並挹注本案工程經費的情形。此亦經監察院102年調查證明在案（102交調43），原告顯係誤解。
