內政部於107年9月19日審議通過交通部鐵道局「台南市區鐵路地下化計畫」東區、北區土地徵收計畫書，調升房屋之重建單價補償標準10~20%，已完成協議價購之建築物，亦將補發差額，台南市府與交通部鐵道局在徵收公告之前，將仍持續與所有權人協調，請所有權人支持並同意協議價購，市府呼籲符合申購資格但尚未申購之拆遷戶，不要忽視自身權益，儘速向市府都發局申購。
台南市府指出，未來台南市藉由鐵路地下化將可消除鐵路沿線9處平交道、8處地下化隧道及5座陸橋（含2座鐵路橋涵），改善交通阻隔及平交道事故，並新增25~40米南北向公園道，紓解交通瓶頸，縫合都市道路系統及都市發展空間，改善市容景觀及環境生活品質，提昇土地利用價值，增加經濟效益，並消除鐵路沿線兩側地區發展之阻礙，均衡都市發展。
台南市府為讓拆遷戶獲得更多保障，於107年9月18日公告調升房屋重建單價，拆遷戶將可提高徵收價格約10~20%，適用範圍含依土地徵收條例第18條規定尚未徵收公告期滿之案件，亦適用鐵路地下化範圍內之建築物。對於本案鐵路地下化已完成協議價購之建築物，將補發差額。
除交通部鐵道局依土地徵收條例第34條之1訂定安置計畫，提供拆遷戶房屋租金補助費及特別救助金外，市府為照顧拆遷戶，訂有「鐵路地下化專案照顧住宅」申購機制，提供拆遷戶以成本價購買、優惠利率及全額貸款。專案照顧住宅位於本市南台南副都心計畫區內，鄰近南市文化中心、崇明國中(小)、巴克禮公園、市立醫院，並鄰接鐵路地下化後之南台南車站，區位條件優越，生活機能完善。同時照顧住宅鄰近省道、機場、台86線，且未來附近亦會有捷運通過，並設有捷運站，聯外交通十分便捷。
另外，國家級的國立科學教育體驗未來館將座落於南台南副都心計畫區之15公頃的文教用地內，距離專案照顧住宅僅約300公尺，該館將展示目前最夯的AR、VR、無人自駕車、無人機、無線即時影像通訊，智慧穿載裝置及綠能等主題，展望未來，此地區將成為南市最精華的文教休閒生活特區，發展未可限量。
台南市府與交通部鐵道局協調採「先建後拆」方式，將照顧住宅先建築完成，讓申購之拆遷戶於入住後才拆除建物，以「無縫接軌」避免影響拆遷戶居住權益。目前拆遷戶申購之照顧住宅已有151戶交屋，並將於9月29日召開第一次管理委員會。
對於拆遷戶賸餘土地及建物，依「台南市興辦公共設施拆除合法建築物賸餘部分就地整建辦法」及台南市區鐵路地下化計畫辦理都市計畫變更案內容，並提供就地整建、原地新建、合併新建、簡易都更等適度放寬建蔽率及容積獎勵，以減少拆遷戶於協議價購或徵收前、後可建築容積之差異。
