曾為府城七寺八廟之一的市定古蹟法華寺，因產權所有者在修復方向上和市府不同，以致法華寺持續毀壞仍無法處理，在地人看不過古剎淪為破樣，向市議員邱莉莉服務處投訴，邱莉莉表示，法華寺已有超過三百年歷史，建築極具特色，是介紹台南深度歷史旅遊踏查書籍幾乎都會提到的代表性古剎，過去法華寺即有失修問題，但因產權非公有，修復方向有歧見，即使古蹟可補助九成修復預算，修復仍然無進度，如今現狀毀損日趨嚴重、甚至屋瓦出現大面積陷落，讓古都顏面無光，公部門不能再被動，應拿出強硬手段介入，並向外界清楚說明維護作為和預期修復進度。
法華寺興建於1684年，1985年被審查列為三級古蹟，縣市合併升格後成為直轄市市定古蹟，但法華寺因產權私有，和市府在古蹟管理維護立場相去甚遠，2012年甚至還登報批評市政府文化局，並主張廢止古蹟身分。事隔五年，即便市府文資處長赴基隆拜會住持溝通，對於古蹟修護仍無共識。
邱莉莉指出，2004年市府曾向內政部爭取4,800萬元欲整修法華寺，但寺方阻撓最後作罷，2007年寺方卻擅自整修古蹟本體，被依文資法起訴，即使現在市府可補助九成修復預算，寺方只需出一成，但仍無法勸說產權所有者同意修復。但很遺憾最壞結果現在發生，即古蹟毀損處任其荒廢，延壽橋上的涼亭被拆除後木材丟棄在旁、殿宇的屋瓦陷落、主體最古老的功德堂已無法使用、兩側的寺門因寺內結構危險暫被寺方封住不開放進出，讓人看了相當難過。
邱莉莉表示，觀旅局現在網站和導覽圖還有法華寺的觀光資訊，遊客看完一定對台南市定古蹟的傾頹印象深刻，如果順其自然發展，法華寺的未來相當堪慮，七寺八廟的風華將只能在書籍追尋，台南人無法接受這樣消極的處理方式。
邱莉莉強調，文化局就法華寺的整建和廟方溝通多年，但問題始終無解，距2003年市府認為損壞需修復已過14年，法華寺主體建築的損壞日漸嚴重，沒有第二個14年可等，文化局要馬上採取斷然措施，就現狀有迫切處理的部分和寺方加強溝通。
