菲律賓籍學生指控高苑科技大學1週讓他們超時工作40小時，且學校違法透過仲介招生。全國私校工會則表示，崑山科技大學疑似同樣透過仲介違法招收菲律賓學生。針對高教工會無端指控，崑山科大提出5點聲明回應並嚴詞駁斥，對高教工會不實指控傷及全校師生予以強烈譴責並保留法律追訴權。
教育部指出，確認高苑科大經由仲介辦理菲律賓學生招生事宜，嚴重損及學生權益，並查有學校人員引導學生對外表示每週僅工讀20小時，實屬不當作為，列為重大行政缺失。由於高苑科大已列為專案輔導學校，下學年度不得招收境外生。至於崑山科技大學是否經由菲律賓當地人力仲介JS Contract招收新南向產學合作專班學生，教育部表示，已發函崑山科大查明。
崑山科大針對高教工會無端指控提出5點聲明如下，一、該校從未透過任何仲介公司於境外進行招生活動。高教工會任意引述與該校無關聯的他校學生陳述，且未與該校求證，即隨意於媒體指控，強烈譴責此類不負責任的假消息。
二、近年來，該校所招收的菲律賓新南向國際產學合作專班學生，是透過位於馬尼拉的菲律賓基督教大學及宿霧的西南大學2所姊妹校協助辦理招生事宜，並由學校同仁親自前往當地進行學生面試，或透過視訊進行面試評分後錄取，後續由菲律賓基督教大學協助處理學生來台相關簽證文件確認，再由學校同仁前往駐菲律賓台北經濟文化辦事處辦理來台簽證。
三、菲律賓基督教大學基於與該校學術合作交流，鼓勵菲律賓當地學生前往崑山科大就讀。為協助當地學生來台工作，有請該校合作單位及專業人士協助辦理，並未透過任何仲介公司處理菲律賓學生來台事宜。
四、菲律賓學生來台就讀崑山科大後，校方全部依規定授課及進行相關實習課程。教育部每學期派員至該校進行新南向專班訪視，以了解學生來台前崑山科大的招生過程及入台後在校學習與生活的狀況。就讀該校的菲律賓學生均表示，求學期間，從未有非法打工或是從事黑工情事，完全遵照教育部及相關部門的法令規定。
五、日前該校應教育部要求，詢問菲律賓學生來台就學是否透過仲介組織，學生們表示，獲知崑山科大的招生訊息，是由菲律賓基督教大學的招生管道及當地原就讀的高中師長告知，面試是崑山科大教師在菲律賓基督教大學校園進行。收到錄取通知後，也是由菲律賓基督教大學協助辦理來台簽證事務，並無透過當地任何仲介公司申請來台就學事宜。
