有漁民反映，漁電共生可能造成魚塭租金上漲。對此，台南市政府13日聲明，漁電共生政策是以「漁業為主、綠電加值」原則，會確保漁民及種電業者雙贏，市府不會坐視業者抬高養殖魚塭租金不管，在審查案場相關申請時，會將土地取得租金等因素納入綜合考量，以維護養殖漁民權益。
市府強調，漁電共生法令限制嚴謹，綠能業者承租或購地後，除了設置光電設施，無論室外型或室內型養殖案場，都必須有養殖的事實。市府審查核發漁電共生案場時，會要求業者在原承租漁民同意配合新養殖模式的條件下，以原租金標準或更優惠租金，優先由原養殖漁民承租養殖。
經發局指出，漁電共生直接利害關係主體為魚塭地主及承租養殖戶，中央政策也規範綠能業者進場須取得地主與養殖戶雙重同意，且公版契約亦訂定既有養殖戶之優先承租權，以保障漁民工作權及維持魚塭持續生產。
目前中央規定，專區計畫建議人於計畫中皆須敘明養殖合作及光電配置模式，包含審查後進行環社檢議題辨認、初步可行性評估，經發局針對業者是否確行三方契約，除要求切結之外，報告書亦需就排除糾紛章節等部份進行可行性評估，之後農業局會再進行專案計畫審查，力求持續創造業者、地主、專區內之養殖戶三贏型態。
農業局表示，市府配合國家再生能源政策，以落實農地農用為原則推動設置漁電共生案場，在維持養殖生產的前提下，分為「室內養殖屋頂型」及「室外養殖地面型」2種模式，利用室內養殖場屋頂、室外魚塭堤岸、引水渠道設置綠能設施，達到養殖與綠能雙贏。
農業局說明，漁電共生政策是「以漁為本」的前提下，促進產業共榮發展，無論室外型或室內型養殖案場皆須具有養殖事實，本身不具養殖專業的綠能業者，仍須尋求相關技術及人力，以維持20年期間整體運作，相對保障在地就業機會。
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